W Ateneum - Szkole Wyższej istnieją trzy Wydziały:

• Wydział Studiów Edukacyjnych 
• Wydział Nauk Społecznych
• Wydział Neofilologiczny
• Filia Zagraniczna Ateneum-ANS w Sewilli prowadzona we współpracy z ISTRAD Instituto Superior De Estudios Linguisticos Y Traduccion
(c/ Puerta de Jerez, 4E-41001 Sewilla - Hiszpania)

oraz Jednostki Międzywydziałowe:

• Studium Języków Obcych
• British Council Examination Centre
• Biblioteka
• Dział Nauki i Wydawnictw
• Dział Kształcenia
• Studia Podyplomowe
• Praktyki zawodowe
• Studium Wychowania Fizycznego
• Biuro Współpracy z Zagranicą
• Biuro Programu Erasmus+
• Dział Projektów

W Uczelni funkcjonują również:

• Samorząd Studencki
• Klub Uczelniany AZS Ateneum
• Centrum Aktywności Profesjonalnej
• Uniwersytet Trzeciego Wieku
• Akademickie Biuro Karier