Ateneum - Szkoła Wyższa współpracuje z wieloma organizacjami i instytucjami. Sieć instytucji współpracujących jest stale rozszerzana. Współpraca ta ma celu stworzenie studentom Uczelni możliwości zastosowania wiedzy zdobywanej w trakcie studiów w praktyce oraz stały, stabilny rozwój Ateneum. 
Do instytucji współpracujących należą m.in.:

• Polskie Stowarzyszenie Integracji Sensorycznej
• Urząd Lotnictwa Cywilnego
• British Council
• Societa' Dante Alighieri w Katowicach z siedzibą główną w Rzymie
• Istituto Italiano di Cultura
• Universita Della Calabria
• Forschungsgruppe Migration und Interkulturelle Kommunikation(mikom) des Rhein-Ruhr-Instituts fur Sozialforschung und Politikberatung e.V. an der Universitat Duisburg-Essen, Standort Duisburg
• Universitat Karlsruhe (TH)
• Stowarzyszenie "Bałtycki Instytut Spraw Europejskich i Regionalnych w Gdyni" - BISER
• Fundacja Rozwoju Demokracji Lokalnej
• Pomorskie Stowarzyszenie Gmin Wiejskich
• Akademickie Inkubatory Przedsiębiorczości
• Polskie Radio - Regionalna Rozgłośnia w Gdańsku "Radio Gdańsk" S.A.
• Baltic Media Group Sp. z. o. o. nadawca Pomorska.TV
• Agencja "KONTAKT" Grzegorz Furgo
• Miejski Teatr "Miniatura" 
• BIG Autohandel Gdańsk
• "Carusek" Ośrodek Szkolenia Kierowców
• Fundacja "Dogtor"
• Fundacja Naukowo - Techniczna "Gdańsk"
• Instytut Konsultantów Europejskich
• Miejski Ogród Zoologiczny Wybrzeża w Gdańsku Oliwie
• Openlearning "Profesjonalne szkolenia dla Ciebie"
• Eurokadry
• Pomorski Portal Pracy
• "Trendy Hair Fashion" Sieć salonów fryzjerskich
•  "Wakat" Hurtownia Artykułów Biurowych
• YOURCAREERGROUP Spółka z o.o.
• Pracodawcy Pomorza